大片段测序（BAC)
BAC克隆等大片段DNA测序已在国内外全基因组测序和功能基因筛选中得到广泛应用，但因为涉及高质量的shotgun文库构建和大规模、高通量测序平台的建立，目前国内除参加过人类基因组计划的研究机构外，还鲜
利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序
ATAC-seq可以检测染色质开放区域，其原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质区域的特性，对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序和富集分析。
ChIP-Seq
ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀，对其进行纯化和文库构建，再通过高通量测序，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA。